Вызов встроенных функций LAPACK / BLAS в MATLAB - PullRequest
9 голосов
/ 22 июня 2011

Я хочу узнать, как вызывать встроенные подпрограммы LAPACK / BLAS в MATLAB. У меня есть опыт работы с файлами MATLAB и mex, но я не знаю, как вызывать библиотеки LAPACK или BLAS. Я нашел процедуры шлюза в обмене файлами , который упрощает вызовы, поскольку мне не нужно писать mex-файл для какой-либо функции, такой как эта . Мне нужен любой игрушечный пример, чтобы изучить основы обмена сообщениями между MATLAB и этими встроенными библиотеками. Любой игрушечный пример, такой как умножение матриц или разложение LU, приветствуется.

Ответы [ 2 ]

10 голосов
/ 22 июня 2011

Если вы загляните внутрь файла lapack.m из упомянутой заявки FEX, вы увидите пару примеров использования этой функции:

Пример: декомпозиция SVD с использованием DGESVD :

X = rand(4,3);
[m,n] = size(X);
C = lapack('dgesvd', ...
     'A', 'A', ...           % compute ALL left/right singular vectors
      m, n, X, m, ...        % input MxN matrix
      zeros(n,1), ...        % output S array
      zeros(m), m, ...       % output U matrix
      zeros(n), n, ....      % output VT matrix
      zeros(5*m,1), 5*m, ... % workspace array
      0 ...                  % return value
);
[s,U,VT] = C{[7,8,10]};      % extract outputs
V = VT';

(Примечание: причина, по которой мы использовали эти фиктивные переменные для выходных переменных, заключается в том, что функции Fortran ожидают, что все аргументы будут переданы по ссылке, но MEX-функции в MATLAB не позволяют изменять их входные данные, поэтому он написан так, чтобы возвращать копии всех входных данных в массиве ячеек с любыми изменениями)

Получаем:

U =
     -0.44459      -0.6264     -0.54243       0.3402
     -0.61505     0.035348      0.69537      0.37004
     -0.41561     -0.26532      0.10543     -0.86357
     -0.50132      0.73211     -0.45948    -0.039753
s =
       2.1354
      0.88509
      0.27922
V =
     -0.58777      0.20822     -0.78178
      -0.6026     -0.75743      0.25133
     -0.53981      0.61882      0.57067

Что эквивалентно собственной функции SVD MATLAB:

[U,S,V] = svd(X);
s = diag(S);

, которая дает:

U =
     -0.44459      -0.6264     -0.54243       0.3402
     -0.61505     0.035348      0.69537      0.37004
     -0.41561     -0.26532      0.10543     -0.86357
     -0.50132      0.73211     -0.45948    -0.039753
s =
       2.1354
      0.88509
      0.27922
V =
     -0.58777      0.20822     -0.78178
      -0.6026     -0.75743      0.25133
     -0.53981      0.61882      0.57067

РЕДАКТИРОВАТЬ:

ДляДля полноты изложения ниже показан пример MEX-функции, напрямую вызывающей интерфейс Fortran подпрограммы DGESVD.

Хорошая новость заключается в том, что MATLAB предоставляет библиотеки libmwlapack и libmwblas и два соответствующих файла заголовков * 1034.* и lapack.h мы можем использовать.Фактически, в документации есть страница, объясняющая процесс вызова функций BLAS / LAPACK из MEX-файлов .

В нашем случае lapack.h определяет следующий прототип:

extern void dgesvd(char *jobu, char *jobvt, 
  ptrdiff_t *m, ptrdiff_t *n, double *a, ptrdiff_t *lda,
  double *s, double *u, ptrdiff_t *ldu, double *vt, ptrdiff_t *ldvt,
  double *work, ptrdiff_t *lwork, ptrdiff_t *info);

svd_lapack.c

#include "mex.h"
#include "lapack.h"

void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[])
{
    mwSignedIndex m, n, lwork, info=0;
    double *A, *U, *S, *VT, *work;
    double workopt = 0;
    mxArray *in;

    /* verify input/output arguments */
    if (nrhs != 1) {
        mexErrMsgTxt("One input argument required.");
    }
    if (nlhs > 3) {
        mexErrMsgTxt("Too many output arguments.");
    }
    if (!mxIsDouble(prhs[0]) || mxIsComplex(prhs[0])) {
        mexErrMsgTxt("Input matrix must be real double matrix.");
    }

    /* duplicate input matrix (since its contents will be overwritten) */
    in = mxDuplicateArray(prhs[0]);

    /* dimensions of input matrix */
    m = mxGetM(in);
    n = mxGetN(in);

    /* create output matrices */
    plhs[0] = mxCreateDoubleMatrix(m, m, mxREAL);
    plhs[1] = mxCreateDoubleMatrix((m<n)?m:n, 1, mxREAL);
    plhs[2] = mxCreateDoubleMatrix(n, n, mxREAL);

    /* get pointers to data */
    A = mxGetPr(in);
    U = mxGetPr(plhs[0]);
    S = mxGetPr(plhs[1]);
    VT = mxGetPr(plhs[2]);

    /* query and allocate the optimal workspace size */
    lwork = -1;
    dgesvd("A", "A", &m, &n, A, &m, S, U, &m, VT, &n, &workopt, &lwork, &info);
    lwork = (mwSignedIndex) workopt;
    work = (double *) mxMalloc(lwork * sizeof(double));

    /* perform SVD decomposition */
    dgesvd("A", "A", &m, &n, A, &m, S, U, &m, VT, &n, work, &lwork, &info);

    /* cleanup */
    mxFree(work);
    mxDestroyArray(in);

    /* check if call was successful */
    if (info < 0) {
        mexErrMsgTxt("Illegal values in arguments.");
    } else if (info > 0) {
        mexErrMsgTxt("Failed to converge.");
    }
}

На моей 64-битной Windows, я компилирую MEX-файл как: mex -largeArrayDims svd_lapack.c "C:\Program Files\MATLAB\R2013a\extern\lib\win64\microsoft\libmwlapack.lib"

Вот тест:

>> X = rand(4,3);
>> [U,S,VT] = svd_lapack(X)
U =
   -0.5964    0.4049    0.6870   -0.0916
   -0.3635    0.3157   -0.3975    0.7811
   -0.3514    0.3645   -0.6022   -0.6173
   -0.6234   -0.7769   -0.0861   -0.0199
S =
    1.0337
    0.5136
    0.0811
VT =
   -0.6065   -0.5151   -0.6057
    0.0192    0.7521   -0.6588
   -0.7949    0.4112    0.4462

против

>> [U,S,V] = svd(X);
>> U, diag(S), V'
U =
   -0.5964    0.4049    0.6870    0.0916
   -0.3635    0.3157   -0.3975   -0.7811
   -0.3514    0.3645   -0.6022    0.6173
   -0.6234   -0.7769   -0.0861    0.0199
ans =
    1.0337
    0.5136
    0.0811
ans =
   -0.6065   -0.5151   -0.6057
    0.0192    0.7521   -0.6588
   -0.7949    0.4112    0.4462

(помните, что знак собственных векторов в U и V является произвольным, поэтому вы можете получить перевернутые знаки, сравнивая их)

0 голосов
/ 10 августа 2012

Хороший / практический пример использования SVD в matlab объясняется здесь: Преобразование захваченных координат в координаты экрана

Подробнее о том, как рассчитать SVD в объективе-c с помощью lapack, написано здесь Расчет V из A = USVt в объективе-C с SVD из LAPACK в xcode

...