Для устранения плохого:
Flash нестандартного контента имеет много решений. Честно говоря, я не знаю, почему люди так волнуются; это браузерное приложение. Мы привыкли смотреть каждое изображение, когда оно загружается на веб-сайт, и это никогда не нарушало нашу способность использовать Интернет. Но в любом случае, реальная точка зрения состоит в том, что есть способы обойти это; просто Google для "исправления FOUC" или "решения для FOUC" или аналогичные. Вы найдете методы.
CSS и JS довольно большие. Но вы можете создать собственный JS, который будет содержать только те элементы управления и виджеты, которые вам нужны. Есть и другие встроенные оптимизации, такие как спрайт изображений для виджетов. Это удобно.
Что потребуется для того, чтобы все "соответствовало jQuery"? Я не понимаю этот момент. Все, что у вас есть, использует JS без библиотеки, все равно будет работать. Я не вижу реального преимущества в рефакторинге функций для использования jQuery; jQuery предназначен для удобства (особенно для манипулирования DOM), и если у вас уже есть уже написанные ранее функции, то их изменение не принесет никакого удобства. Для jQuery не нужно никакого «соответствия»; либо вы начнете использовать его, либо нет!
Однако, честно говоря, я не испытываю особой любви к jQuery UI. Я использую его для одного проекта, и он был довольно полезен, потому что в этом проекте уже была встроена поддержка jQuery UI. Если бы я писал с нуля, у меня могло бы возникнуть желание пойти в другом направлении; либо создаю свой собственный метод скининга, либо использую другую структуру. В конце концов, самые большие вещи, которые вы можете ожидать от jQuery UI:
виджеты, которые вы можете и будете использовать в своем приложении. Использование jQuery UI для создания скинов, вероятно, излишне.
возможность для пользователей использовать инструмент Themeroller. Это избавит их от ручного создания обложки для любого пользовательского метода создания обложки, который вы можете придумать. Спросите себя, полезно ли для ваших пользователей использовать Themeroller. Иметь Themeroller для удобства просто для себя может быть недостаточно мотивации.