A flashvar
передается только один раз при загрузке SWF, поэтому изменение html после этого (например, через jQuery) не будет работать.
Вместо этого используйте ExternalInterface
для вызова функции в вашем SWF через javascript, который, в свою очередь, запускает или останавливает проигрыватель / изменяет дорожки.