Используйте путь к нему, либо абсолютный:
myfile = open('/path/to/myfile.ext')
, либо относительный:
myfile = open('../../../../myfile.ext')
, в зависимости от того, что больше подходит для данной ситуации.Вы можете использовать os.path.expanduser () , чтобы расширить ~
часть пути.