Я бы начал с корня проблемы и выяснил, почему при слиянии происходят неустановленные изменения.
Как правило, либо храните ваши изменения перед выполнением извлечения, либо фиксируйте их, чтобы ваш репозиторий был чист для входящего слияния.
Пример:
Предположим, вы работаете над чем-то и не хотите делать коммит сейчас, потому что вы еще не закончили. Но вам нужно объединить что-то важное для вашей задачи.
git stash save "description"
git pull
# merge everything and commit merge changes
git stash pop #brings back all your changes from before
Затем Git повторно применяет все, что вы сохранили, с помощью git stash save, и вы находитесь на вершине объединенного хранилища с вашими незафиксированными изменениями.