Я бы порекомендовал использовать функцию SSIS SQL Server для подключения к базе данных SQLite через ODBC / OLEDB, а затем импортировать таблицы по мере необходимости.
Это легко начать - в SQL Server Management Studio создайте пустую базу данных - и затем щелкните правой кнопкой мыши по ней, выберите задачи - и затем импортируйте / экспортируйте данные. Это поможет вам работать, так как графический интерфейс прост в использовании.
Сложнее всего найти драйвер ODBC / OLEDB для SQLite ...