Если вы хотите сделать простой ключ API, то при каждом вызове JSON клиент передает ключ аутентификации, а в каждом методе на стороне php получает ключ и аутентифицирует его.
Если вы хотитечтобы выполнить аутентификацию сессионного типа, вы должны сначала вызвать метод authenticate, который бы возвратил session_id клиенту.Затем клиент будет отправлять сеансовый ключ в каждом последующем методе.Внутри этих методов сервер может затем проверить ключ сеанса.
Я искал способ чистой абстрактной аутентификации из реальных методов RPC json, но если вы используете Zend_Json_Server напрямую, то сделать это невозможно.Это.Вы можете продлить его, но для меня это не стоило хлопот.