Чтобы ограничить доступ к клонированию репозитория, вам нужно использовать протокол ssh: // ... и предоставлять доступ по ssh только тем пользователям, которым вы хотите иметь доступ.
Что вам, вероятно, следует сделать, это посмотреть различные вопросы и ответы по git workflow - они описывают средства, с помощью которых различные члены команды тянут / толкают друг друга. Есть много способов сделать это.