Я считаю, что всецело и полностью зависит от ваших требований. Если мое основное требование - просто сохранить версионную копию, чтобы всегда была резервная копия, тогда вы можете использовать GIT, CVS или Subversion, как вам нравится. Тем не менее, если я храню большие документы для бизнес-пользователей, к которым часто обращаются и которые необходимо искать, то хранение в базе данных, вероятно, является наилучшим способом. Я не слишком знаком с MySQL, но в моем опыте с Oracle гораздо меньше догадок, когда я храню большие бизнес-документы в столбце BLOB. Это в сочетании с тем фактом, что Oracle может выполнять поиск по этим индексам BLOB для меня, сделало его привлекательным решением для приложения, которое я написал для своего бизнеса.