Файл .htaccess в каталоге имеет приоритет над любым файлом .htaccess в родительских каталогах. Итак, если у вас уже есть файл .htaccess в каждом из ваших подкаталогов, то помещать файл .htaccess в корневой каталог не имеет смысла.
Удалите файлы .htaccess из каждого из ваших подкаталогов, которые вы хотите перенаправить, и обновите файл .htaccess в корневой папке. Вы, вероятно, должны поставить 20 правил переписывания, как это. Имейте в виду, что удаление .htaccecss из подкаталогов уберет все ограничения, которые вы [возможно] наложили на эту папку.
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.)?domain\.com
RewriteRule ^folder/file\.aspx$ http://domain.us/folder/file.php [R=301,NC,L]
RewriteRule ^folder2/file\.aspx$ http://domain.us/folder2/file.php [R=301,NC,L]
301 для постоянного перенаправления, NC для No Case, L для последнего правила для обработки, если совпадает
OR
Обновите файл .htaccess в каждом каталоге, который вы хотите перенаправить
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.)?domain\.com
RewriteRule ^(.*)\.aspx$ http://domain.us/folder/$1.php [R=301,NC,L]
#the following might also do; just test it out
#RedirectPermanent (.*)\.aspx$ http://domain.us/folder/$1.php
Итак, в зависимости от вашей ситуации, вы выбираете один. Я бы выбрал первый вариант, чтобы все перенаправления были в одном месте. Вы всегда можете перенести ограничения из подкаталогов в .htaccess в root .htaccess.