Ваш .htaccess (по крайней мере mod_rewrite для codeigniter) не будет работать, если вы используете бесплатный сервис 000webhost (по крайней мере, в последний раз, когда я этого хотел, служба поддержки сказала мне, что они его не поддерживают ... раз я подписался на их бесплатный сервис для частного тестирования сценариев, которые я написал). Другое дело, что для бесплатного хостинга они используют собственную панель управления (не cPanel), cPanel - для платных аккаунтов.
В любом случае они оба предлагают учетные записи ftp, базы данных mysql и, конечно, web ftp (онлайн-менеджер файлов). Все, что вам нужно, это FTP-клиент (например, FileZilla или даже сам Windows Explorer).