Вы все еще можете нарушить наследование уровня разрешений в sharepoint 2010, хотя и только программно (ссылка: http://technet.microsoft.com/en-us/library/ff607713.aspx, раздел Разрешения для вложенных сетей)
Чтобы разбить его программно, вы можете использовать метод SPRoleDefinitionCollection.BreakInheritance (http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ee547386.aspx)
Образец Powershell:
$web = Get-SPWeb "your site URL"
$web.RoleDefinitions.Delete("Some Custom Perm Level") # will not work, because perm levels are inherited
$web.RoleDefinitions.BreakInheritance(true,true)
$web.RoleDefinitions.Delete("Some Custom Perm Level") #will work