В случае git я не знаю ни одного простого способа переопределить метод вычисления двоичных дельт, которые используются для эффективного хранения в пакетных файлах.(Файлы пакетов создаются большинством транспортов для эффективной передачи данных на сервер и с него.)
Однако вы можете взглянуть на проект bup для git.При этом используется метод прямого создания файлов Git Pack в случае использования Git для резервного копирования огромных объемов данных.Это звучит в целом похоже на то, что вы хотите сделать.
[Я понимаю, что вы явно исключаете это из своего вопроса, но в случае, если другой читатель найдет этот вопрос, который заинтересован в хороших видимых пользователем различиях в двоичных файлах,Я выделю этот полезный пример из Pro Git .]