В верхней части проводника пакетов есть двойная стрелка (<->). Если вы не отметите это, Eclipse не будет фокусировать проводник пакетов при открытии ресурса.
Вы также можете выбрать, что показывать в проводнике пакетов. В меню проводника пакетов (в правом верхнем углу окна, рядом с двойной стрелкой) выберите «Фильтры» ... Если вы отключите (выберите) Библиотеки из внешних источников, то проводник пакетов не будет отображать библиотеки (и, следовательно, не будет расширяться их). Тем не менее, это означает, что библиотеки не будут отображаться (даже библиотеки с исходным кодом). Это не совсем то, что вы хотите, но это может помочь.