Я не уверен, что вы имеете в виду под "сервером RMI", реестром RMI, который вы не можете остановить программно. Но вы можете остановить свою службу (привязанную к реестру RMI). Вы должны вызвать пользовательский метод для чистого отключения службы, а затем unbind
из реестра.
Перед этим отключением и отменой привязки вы должны сообщить всем подключенным клиентам, что служба будет закрыта. Это уведомление может быть сделано с помощью обратного вызова. Поиск по RMI callback
даст вам множество примеров и учебных пособий.