C # - хороший язык, и мне гораздо легче работать с ним, чем C / C ++, особенно для приложений GTK.
Я также думаю, что изучение C # было бы гораздо выгоднее, чем изучение Java. Я говорю это ни по какой другой причине, кроме моего личного вкуса, но я также честно и объективно верю, что у C # будет лучшее будущее, чем у Java.
Что касается запуска приложений Mono в Windows, вы обычно можете сделать это без хлопот, но если это приложение с графическим интерфейсом, вам придется либо создать версию Windows, использующую Winforms, либо вашим пользователям придется установить GTK для Windows , В любом случае, ваши приложения будут выглядеть намного лучше, чем приложения Java на обеих платформах.
Наконец, я не думаю, что M $ в ближайшее время подаст в суд на Mono.