Пустые папки, как правило, не развертываются.
Для папки «Загрузки» установлено «Действие сборки» для элементов, которые в ней содержатся?Они должны быть установлены в «Содержимое» для всего, что вы хотите развернуть.Это не устанавливается автоматически для некоторых типов файлов, таких как PDF и т. Д.
Единственные развертываемые элементы должны иметь ссылки в проекте (то есть они должны появляться в обозревателе решений,не только присутствует в папке на диске), но и имеет правильный набор действий для сборки.
Вы также можете установить для параметра «Копировать в каталог вывода» значение True и посмотреть, чтослучается.