Почему мое приложение Linux использует неверную библиотеку .so? - PullRequest
Новая
       47

Почему мое приложение Linux использует неверную библиотеку .so?

5 голосов
/ 02 марта 2012

У меня есть приложение, которое я создаю и которое использует библиотеку NetCDF C ++, а NetCDF использует библиотеку HDF-4. Тем не менее, он извлекает из библиотеки неправильно HDF-4.

Вот как связано мое приложение: 

/apps1/intel/bin/icpc -gxx-name=/apps1/gcc-4.5.0/bin/g++ -shared -o lib/libMyCustom.so
  -Llib  -L/apps1/boost-1.48.0/lib -Wl,-rpath=/apps1/boost-1.48.0/lib
  -L/apps1/gdal-1.8.0-jasper/lib -Wl,-rpath=/apps1/gdal-1.8.0-jasper/lib
  -L/new_apps1/hdf4/lib -Wl,-rpath=/new_apps1/hdf4/lib -L/new_apps1/netcdf/lib
  -Wl,-rpath=/new_apps1/netcdf/lib -lboost_system -lboost_serialization
  -lboost_date_time -lboost_thread -lgdal -ldf -lmfhdf -lnetcdf_c++ 
  MyProj/obj/ProjUtility.o  MyProj/obj/ProjMetadataException.o
  MyProj/obj/ProjTimestampUtil.o

Я установил свой LD_LIBRARY_PATH очень коротким: 

LD_LIBRARY_PATH=/new_apps1/hdf4/lib:/new_apps1/hdf5/lib:
  /apps1/intel/composerxe/lib/intel64:/apps1/gcc-4.5.0/lib64:/apps1/gcc-4.5.0/lib

А вот выдержка из вывода ldd -v: 

    libdf.so.0 => /new_apps1/hdf4/lib/libdf.so.0 (0x00002af5baabc000)
    libmfhdf.so.0 => /new_apps1/hdf4/lib/libmfhdf.so.0 (0x00002af5bad61000)
    libnetcdf_c++.so.5 => /new_apps1/netcdf/lib/libnetcdf_c++.so.5 (0x00002af5baf85000)
    libhdf5.so.6 => /new_apps1/hdf5/lib/libhdf5.so.6 (0x00002af5bd1e7000)
    libgif.so.4 => /usr/lib64/libgif.so.4 (0x0000003a6bc00000)
    libpng12.so.0 => /usr/lib64/libpng12.so.0 (0x0000003a71000000)
    libnetcdf.so.6 => /new_apps1/netcdf/lib/libnetcdf.so.6 (0x00002af5bd682000)
    libhdf5_hl.so.6 => /new_apps1/hdf5/lib/libhdf5_hl.so.6 (0x00002af5be272000)

    /new_apps1/hdf4/lib/libdf.so.0:
            libc.so.6 (GLIBC_2.3) => /lib64/libc.so.6
            libc.so.6 (GLIBC_2.2.5) => /lib64/libc.so.6
    /new_apps1/hdf4/lib/libmfhdf.so.0:
            libc.so.6 (GLIBC_2.2.5) => /lib64/libc.so.6
    /new_apps1/netcdf/lib/libnetcdf_c++.so.5:
            libgcc_s.so.1 (GCC_3.0) => /apps1/gcc-4.5.0/lib64/libgcc_s.so.1
            libc.so.6 (GLIBC_2.2.5) => /lib64/libc.so.6
            libstdc++.so.6 (CXXABI_1.3) => /apps1/gcc-4.5.0/lib64/libstdc++.so.6
            libstdc++.so.6 (GLIBCXX_3.4) => /apps1/gcc-4.5.0/lib64/libstdc++.so.6
    /new_apps1/hdf5/lib/libhdf5.so.6:
            libm.so.6 (GLIBC_2.2.5) => /lib64/libm.so.6
            libc.so.6 (GLIBC_2.3) => /lib64/libc.so.6
            libc.so.6 (GLIBC_2.2.5) => /lib64/libc.so.6
    /new_apps1/netcdf/lib/libnetcdf.so.6:
            libm.so.6 (GLIBC_2.2.5) => /lib64/libm.so.6
            libc.so.6 (GLIBC_2.3) => /lib64/libc.so.6
            libc.so.6 (GLIBC_2.2.5) => /lib64/libc.so.6
    /new_apps1/hdf5/lib/libhdf5_hl.so.6:
            libc.so.6 (GLIBC_2.2.5) => /lib64/libc.so.6

Пока что все в LD_LIBRARY_PATH, rpath и ldd указывает, что оно указывает на HDF, на который я хочу сослаться (/new_apps1/hdf4/lib/libmfhdf.so.0). Но когда я запускаю, Valgrind говорит мне, что он умирает в библиотеке OLD HDF-4 (что, вероятно, и является причиной его ошибки) вместо библиотеки HDF-4, с которой я пытаюсь связать: 

 Invalid read of size 4
    at 0x67CF765: NC_var_shape (in /apps1/hdf-4.2.6/lib/libmfhdf.so.0.0.0)
    by 0x91327CA: nc_get_NC (v1hpg.c:1113)
    by 0x91303C0: l3nc__open_mp (nc.c:1096)
    by 0x915B279: nc3d__open_mp (dapdispatch3.c:336)
    by 0x914A752: nc3d_open (ncdap3.c:94)
    by 0x911F8A2: l4nc_open_file (nc4file.c:2338)
    by 0x916A290: nc4d_open_file (ncdap4.c:122)
    by 0x911CDDF: nc__open (nc4file.c:2407)
    by 0x69E85F8: NcFile::NcFile(char const*, NcFile::FileMode, unsigned long*, unsigned long, NcFile::FileFormat) (netcdf.cpp:384)
    by 0x710F0B8: getData(std::string const&) (ProjTimestampUtil.cc:593)
    by 0x70E9BEA: (anonymous namespace)::parseOptions(int, char**) (ProjUtility.cc:190)
    by 0x70EAAFB: main(int, char**) (ProjUtility.cc:243)
  Address 0x1051 is not stack'd, malloc'd or (recently) free'd


 Process terminating with default action of signal 11 (SIGSEGV)
  Access not within mapped region at address 0x1051
    at 0x67CF765: NC_var_shape (in /apps1/hdf-4.2.6/lib/libmfhdf.so.0.0.0)
    by 0x91327CA: nc_get_NC (v1hpg.c:1113)
    by 0x91303C0: l3nc__open_mp (nc.c:1096)
    by 0x915B279: nc3d__open_mp (dapdispatch3.c:336)
    by 0x914A752: nc3d_open (ncdap3.c:94)
    by 0x911F8A2: l4nc_open_file (nc4file.c:2338)
    by 0x916A290: nc4d_open_file (ncdap4.c:122)
    by 0x911CDDF: nc__open (nc4file.c:2407)
    by 0x69E85F8: NcFile::NcFile(char const*, NcFile::FileMode, unsigned long*, unsigned long, NcFile::FileFormat) (netcdf.cpp:384)
    by 0x710F0B8: getData(std::string const&) (ProjTimestampUtil.cc:593)
    by 0x70E9BEA: (anonymous namespace)::parseOptions(int, char**) (ProjUtility.cc:190)
    by 0x70EAAFB: main(int, char**) (ProjUtility.cc:243)

Где еще мое приложение получает информацию о пути при динамическом извлечении из других библиотек?

1 Ответ

7 голосов
/ 03 марта 2012

Я не совсем уверен во всех деталях работы -rpath и LD_LIBRARY_PATH и их приоритете, но я нашел некоторые полезные переменные среды:

  • LD_DEBUG=all - эта переменная env включает подробную отладку динамического компоновщика. Теперь выполнение ldd для вашего приложения приведет к выводу сведений о том, как все его зависимости находят свои зависимости.
  • LD_DEBUG_OUTPUT=<filename_prefix> - Используется вместе с LD_DEBUG для указания выходных файлов, в которые записывается информация об отладке.

Переменная LD_DEBUG env помогла мне отследить, что /apps1/gdal-1.8.0-jasper/lib/libgdal.so.1 был скомпилирован с опцией -rpath, которая вытягивала старые (неправильные) версии моего библиотеки. Это дало этот полезный вывод отладки: 

search path=/pathXYZ/lib/tls/x86_64:/pathXYZ/lib/tls:/pathXYZ/lib/x86_64:
  /pathABC/jasper/lib:/pathABC/hdf5/lib/tls/x86_64:/pathABC/hdf5/lib/tls:
  /pathABC/hdf5/lib/x86_64:/pathABC/hdf5/lib:/pathABC/netcdf/lib/tls/x86_64:
  /pathABC/netcdf/lib/tls:/pathABC/netcdf/lib/x86_64:/pathABC/netcdf/lib

          (RPATH from file /apps1/gdal-1.8.0-jasper/lib/libgdal.so.1)

Таким образом, путь к компиляции библиотеки GDAL, похоже, завершал мой LD_LIBRAR_PATH. Пока я не смог заставить свою команду лаборатории правильно перестроить libgdal, я нашел этот env var, который помог мне загрузить «правильные» версии библиотеки, которые я хотел:

  • LD_PRELOAD=<path/to/libName.so> - Укажите это местоположение библиотеки (или разделенный пробелами список библиотек), который должен быть загружен перед всеми остальными. См. Справочную страницу ld.so .
...