Я не думаю, что вы можете использовать Сервис для этого, так как фактически физический читатель будет сидеть на локальном ПК пользователя.
Я бы посоветовал вам взглянуть на использование Silverlight с расширенными возможностями браузера.Это позволит приложению silverlight получать доступ к локальным ресурсам, таким как com и порты.Если вы хотите использовать asp.NET, вам нужно будет использовать элементы управления ActiveX, чтобы получать данные считывателя напрямую.Ну, это то, что я должен был сделать, и очень грязный, лучше пойти на метод Silverlight.