Вы можете создать новое пустое решение, используя DTE, например:
string visualStudioProgID = "VisualStudio.Solution.9.0";
Type solutionObjectType = System.Type.GetTypeFromProgID(visualStudioProgID, true);
object obj = System.Activator.CreateInstance(solutionObjectType, true);
Solution3 solutionObject = (Solution3)obj;
solutionObject.Create(".", "MySolution");
solutionObject.SaveAs(@"C:\Temp\MySolution.sln"); //or wherever you prefer
Вам необходимо добавить ссылки на EnvDTE.dll, EnvDTE80.dll и EnvDTE90.dll. Полученный файл очень прост и может быть создан другими способами (как простой текстовый файл).