Eclipse делает это (у меня работает 3.7.1):
Окно-> Настройки-> Общие-> Редакторы-> Текстовые редакторы-> Quick Diff
(или просто введите быструю разницу в поиске предпочтений)
Включить быструю разность, показать различия в линейках - вы можете изменить цвет, чтобы сделать его более заметным.