Есть ли конкретная причина, по которой вы читаете файл так, как вы это делаете?
Если вы читаете в ASCII-файле, вам действительно следует использовать Reader.
Я бы сделал что-то вроде:
File inputFile = new File("somefile.txt");
BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(inputFile));
А затем используйте либо readLine
или аналогичный для фактического чтения данных!