Вы всегда можете указать файл .c или .o, с которым вы будете ссылаться во время компиляции / ссылки, например,
gcc -o myexe file1.c/file1.o
or
gcc -o myexe file2.c/file2.o
, вы даже можете сделать это другой директивой make, если у вас естьmake-файл, если у вас тот же заголовочный файл, но 2 разных реализации.Я бы порекомендовал просто использовать 1 заголовочный файл и изменить базовую реализацию, нет смысла иметь 2 заголовка с похожими объявлениями.