Вы можете создать небольшой скрипт bash, который бы:
- сдвигал для каждого параметра
until [ -z "$1" ] ; do local aparam="$1" ; ... ; shift ; done
- вызывал для каждого из них:
git update-index --assume-unchanged $aparam
А затем определите этот сценарий как псевдоним.