Массивы NumPy можно индексировать произвольным списком, как в Matlab:
>>> x = numpy.array(range(10)) * 2 + 5
>>> x
array([ 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17, 19, 21, 23])
>>> x[[1,6,4]]
array([ 7, 17, 13])
и назначение:
>>> x[[1,6,4]] = [0, 0, 0]
>>> x
array([ 5, 0, 9, 11, 0, 15, 0, 19, 21, 23])
К сожалению, я не думаю, что можно получить это без тупика, поэтому вам просто нужно зацикливаться на них.