Используя шаблон MVC, вам нужно разделить текущий код между несколькими контроллерами, тогда у каждого контроллера будет несколько действий, поэтому у вас будет не один, а несколько контроллеров, каждый с несколькими действиями.
Скажем, например, у вас есть область пользователей на вашем сайте.Вы можете сделать так, чтобы пользовательский контроллер имел действия по регистрации, просмотру профиля и редактированию профиля, и все.Вам также понадобится еще один контроллер для аутентификации (действия по входу и выходу из системы), и так далее, чтобы швы разбились на кусочки кода.
Далее, используя шаблон MVC, вам также нужно будет написатьмодели для каждой «сущности БД», например, Модель пользователей, которая определяет пользователя, и если вы пойдете немного дальше, вы можете иметь таблицу сопоставления пользователей (или хранилище), которая реализует все запросы БД для базового CRUD (и еще больше действий)на пользователей.
Для лучшего понимания я предлагаю вам загрузить MVC-фреймворк, уже созданный для php, что-то простое, что лучше объяснит концепцию MVC и преимущества перед так называемым «классическим» или «простым» php.
Я предлагаю вам попробовать CodeIgniter , который в качестве документации действительно полезен для начинающих в MVC, или если вы хотите углубиться в тему и познакомиться с MVC eaven, лучше сделайте Zend Framework Quick Start турориал, который должен дать более глубокое представление о том, что должна содержать архитектура фреймворка MVC и как ее следует использовать.