Объявите эту процедуру в вашем разделе [Code]
procedure CurStepChanged(CurStep: TSetupStep);
var
ResultCode: Integer;
begin
if CurStep = ssDone then
begin
ShellExec('', ExpandConstant('YOUR APP PATH AND NAME OR IN YOUR CASE YOUR BATCH SCRIPT'), '', '', SW_SHOWNORMAL,
ewNoWait, ResultCode);
end;
end;
это выполнит ваш пакет после того, как вы нажмете кнопку «Готово».