Вы можете выполнить сценарий оболочки с помощью chmod, чтобы ограничить доступ. Используйте функцию exec в php.
ln -s mysymlink
if [ -f mysymlink ] then
chmod 000 filenametobedenied
fi
это может быть сценарий оболочки, сохраните его в корне документа как filecheck.sh и запустите этот сценарий через функцию exec ('filecheck.sh')