Использовать набор файлов и преобразовать путь:
<fileset dir="${src.dir}" id="src.files">
<include name="**/*.cpp"/>
</fileset>
<pathconvert pathsep="," property="excluded.src.files" refid="src.files"/>
Теперь в свойстве ${excluded.src.files}
ваши файлы будут разделены пробелом, вы можете добавить свой собственный разделитель и т. Д. В соответствии с аргументом ввода программы. Затем вы просто передаете это с помощью аргумента -exlucde-sources вашей программе и все.