Решено благодаря Дэвиду Хеффернану.
В моём главном окне я добавил поле статического окна, которое ссылается на моё главное окно.
public static Window main;
Public MainWindow()
{
main = this;
}
На окнах мне нужно спрятаться от диспетчера задач и ALT + TAB, я сделал своим главным окном его владельцем:
public HiddenWindow()
{
this.Owner = MainWindow.main;
}
Это действительно просто, оно скрывает окно от вкладки «Задачи» в диспетчере задач, а также не дает людям ALT + TABing в вашу программу.