Это зависит от того, что вы пытаетесь сделать.
Если ваша цель - скорость, SQLite даст вам серьезную выгоду за ваши деньги (особенно, если вы включите несколько транзакций в транзакции). SQLite оптимизирован для всего, что вы упомянули, и было бы очень легко использовать скорость, которую он может вам дать.
Если ваша цель - мобильность, тогда файлы могут быть немного проще. Файлы можно легко перемещать назад и вперед, тогда как SQLite может потребовать больше усилий.
Если ваша цель заключается в возможности поиска, то вы будете глупы, если не будете использовать SQLite, поскольку он очень хорош в поиске и фильтрации результатов.