Простой способ: просто повторить подстроку:
int qidx = filename.indexOf("?");
String realFilename = filename.substring(0, qidx);
String parameters = filename.substring(qidx+1);
и т. Д. Для анализа параметров.
Если вы пишете сервлет, попробуйте:
String fileName = request.getServletPath();
и для параметров что-то вроде
String id = request.getParameter("id");