Этот shell-скрипт имеет две ошибки: строка хеш-взрыва должна быть "#! / Bin / bash", а $ {WORKSPACE} не является переменной оболочки. У Hudson есть несколько собственных переменных, которые раскрываются в командах, которые вы указываете для запуска (т.е. когда вы добавляете команды в веб-интерфейс).
Если вы хотите запустить шаг сборки Hudson в командной строке Cygwin, вам необходимо выяснить, какая команда запускается Hudson и в каком каталоге.
Чтобы дать более конкретный ответ, вам нужно показать нам, как настроен ваш проект и какие шаги вы хотите выполнить отдельно.