Я давно не играл с msbuild, поэтому я не знаю, может ли он сделать это сам, но вы можете попробовать что-нибудь взломанное с некоторыми пакетными файлами.
Вот так:
FOR /D %%i IN (*.*) DO CALL makedir.bat %%i
Где makedir.bat вызывает msbuild для решения в каталоге.