Поскольку вы не указали, какую версию IIS вы используете, но предполагаете, что это IIS7 или выше.
По сути, если вы определите явное значение в вашей конфигурации, это то, что будет использоваться.В IIS 7 или выше установка этого значения через консоль IIS также обновит ваш файл конфигурации, в IIS 6 он использует метабазу.
Установка значения явно в вашем файле конфигурации веб-сайтов всегда будет переопределять настройку в IISесли делегирование не было отключено для функции в applicationHost.config, которая выдаст ошибку, если вы установите ее локально.
Это можно проверить, создав пустой веб-сайт ASP.NET и развернув его в IIS.Вы увидите, что в его конфигурационном файле нет настройки времени ожидания сеанса, поэтому вы будете использовать настройки сервера.Обновите время ожидания сеанса до значения, отличного от значения по умолчанию в IIS, и теперь вы увидите, что определенный раздел был добавлен в ваш файл web.config, так что теперь это используемое значение.
Дополнительная информация о настройках иуправление конфигурацией в IIS7 + здесь