Вы знаете, что вы можете переписать только имя класса с помощью htaccess, верно?
RewriteRule ^prettyclass/function/([0-9]+)?$ uglyclass/function/$1 [L,NC]
В противном случае вам нужно будет указать конкретный маршрут для каждого URI в конфигурации маршрутов ...
$route['some_function/:num'] = 'uglyclass/function/$1';