Как говорит Роберт, один из вариантов - обновить файлы ресурсов с помощью обновленного APK и позволить клиентам загружать новую версию с рынка. Это работает, если вы будете обновлять ваши файлы время от времени.
Если вам нужны постоянные обновления (т.е. каждый день), вы можете скачать файлы с вашего сервера где-нибудь и сохранить их в папке данных вашего приложения (/data/data/YOUR_APP/). Затем вам нужно будет проанализировать данные и добавить их в реальном времени в ваше приложение. Эти файлы будут не файлами ресурсов, а данными любого формата, который вам необходим (например, xml).
Вот как вы записываете данные во внутреннее хранилище: http://developer.android.com/guide/topics/data/data-storage.html#filesInternal