Если вы ориентируетесь на планшеты и только на планшеты, это не должно быть проблемой. Просто рассматривайте JQM как плагин Jquery, а JQuery UI - как другой плагин.
Возможно, вы столкнетесь с некоторыми ошибками пользовательского интерфейса, но это можно исправить. Мы работали над приложением Enterprise для одного из наших клиентов, используя JQM и Jquery UI (для сетки данных и нескольких полезностей) и High-charts . Целевой платформой был iPad.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Это не простой процесс, но вы "можете" заставить его работать.