CMD.exe и Windows Scripting Host не поддерживают .ini, поэтому реализация этого без перезаписи немного рискованна, вам также необходимо установить правильный атрибут в папке, и это может быть СИСТЕМА или ЧТЕНИЕ, в зависимости от ключа реестра!
Этот пример должен работать в конфигурации Windows по умолчанию и старается не перезаписывать существующий файл:
[HKEY_CLASSES_ROOT\Folder\shell\editdesktop\command]
@="cmd /C ((if not exist \"%L\\desktop.ini\" (>\"%L\\desktop.ini\" (echo.[.ShellClassInfo]&echo.InfoTip=&echo.ConfirmFileOp=0w)))&attrib +s \"%L\"&attrib +h +s \"%L\\desktop.ini\"&start notepad \"%L\\desktop.ini\")"
Вероятно, лучше написать сценарий WSH или powershell ...