Краткий ответ: файлы и каталоги, созданные или воссозданные в процессе сборки , не входят в репозиторий .
Если вы решите игнорировать эту лучшую практику (по какой-либо причине), я бы предложил написать сценарий оболочки или небольшой инструмент, который рекурсивно удаляет каждый файл в дереве каталогов, но сохраняет структуру папок без изменений и пропускает .svn
папок. Вызывайте этот инструмент в процессе сборки, где бы вы сейчас ни удаляли полные папки.
Приложение: вот предыдущий пост SO, посвященный теме создания версий сгенерированного кода, с ИМХО это почти та же проблема:
Subversion - работа с генерацией кода