Вы пытались добавить фокус окна между selectWindow и щелчком по ссылке B?
Edit:
selectWindow принимает идентификатор окна JavaScript. Указывает ли ваша ссылка A идентификатор окна для доступа к Selenium?
Вот полная первая тестовая страница (t1.html), в вызове window.open второй параметр - «WindowTest», это javascript windowID, который ищет selenium.
<a href="javascript:void(0);" name="t1"
onclick="window.open('t2.html', 'WindowTest', 'width=450,height=600');">
test
</a>
Вот вторая тестовая страница (t2.html):
<a href="t1.html" name="t2">2test2</a>
Запуск вашего скрипта заканчивается всплывающим окном на t1.html
Мой сценарий
click link=test
pause 5000
selectWindow WindowTest
windowFocus
click link=2test2