Вы не написали достаточно информации, чтобы правильно ответить на вопрос. Google предлагает и Cloud SQL, и HR Datastore, потому что у каждого из них свои плюсы и минусы. Мы не можем ответить на ваш вопрос, не зная, какие параметры должны быть направлены в ту или иную сторону.
Облачный SQL работает хорошо, если вы портируете приложение поверх уже основанного на SQL. Или, если вы знаете, что вашему приложению требуется реляционная семантика, предоставляемая SQL. Хранилище данных хорошо масштабируется для огромных объемов данных помимо SQL, но не совместимо напрямую с SQL, и в конечном итоге согласованная семантика может оказаться неэффективной для некоторых приложений.
Вы добавили в комментарий, что вас волнует миграция, которая также сильно влияет на ответ. Облачный SQL можно легко перенести в другие бэкэнды SQL. Хранилище данных, не так много, хотя, если вы используете Django-nonrel, его можно перенести в бэкэнд MongoDB.
Если вы хотите получить хороший ответ, вам нужно предоставить больше информации о том, что делает ваш сайт, о типах данных, отношениях между данными и о том, насколько велики вы планируете масштабировать. Кроме того, как вы думаете, по каким причинам вы будете мигрировать, и куда вы планируете мигрировать?