Сборки, скомпилированные с x86, будут работать i wow64 на 64-битных системах, но сборки, скопированные с AnyCPU, будут работать самостоятельно, независимо от NGEN. Сборки, скомпилированные для x86, могут загружать 32-разрядные сборки на 64-разрядных системах, а код, скомпилированный для AnyCPU, не будет загружать 32-разрядные библиотеки DLL.
Когда вы используете NGEN, вы избегаете JIT-компиляции сборки, и сборка будет исходным кодом x86 при компиляции с x86 также в системах x64.