CSS предназначен для стилизации вашей страницы, поэтому вы обязательно должны их использовать.
Как вы сказали, если у пользователя отключен JS, страница не будет корректно оформляться.
ВнешнийФайлы CSS могут кэшироваться, что позволяет сэкономить пропускную способность, время загрузки и т. Д.
Изменение некоторых значений в файле CSS лучше, чем их поиск в скрипте, что повышает удобство сопровождения.
ЕслиВы хотите динамически изменять стили элементов, просто измените их класс с помощью JS, а затем создайте разные стили в своем файле CSS для каждого класса, таким образом, вы используете JS только для изменения классов элементов, вместо того, чтобы писать весь код CSS в сценарии.
РЕДАКТИРОВАТЬ
Я забыл упомянуть, что наличие CSS в верхней части загрузки страницы (раздел заголовка) может отображать страницу как загруженный контент, уже стилизованный, и так как это лучшеиметь скрипты в конце загрузки страницы, если вы добавите стилизацию в свои скрипты, вы потеряете возможность правильно отобразить страницу с самого начала, что, я думаю,это плохо.