VS2005 автоматически обнаружит изменения файловой системы в файлах в вашем проекте и спросит вас, хотите ли вы перезагрузить исходный код. Если у вас есть несохраненные изменения, он спросит вас, хотите ли вы отменить старые изменения или нет.
Таким образом, не требуется никакой дополнительной работы для настройки синхронизации VS2005 с вашей файловой системой для файлов, добавляемых в ваш проект.
Что касается файлов, которые добавляются в файловую систему, но не в вашем проекте, вы можете, например, создать новое веб-решение поверх существующего местоположения, оно автоматически добавит все файлы, которые находятся в вашей папке.