drawObj.push(new Rectangle("20", "20", "30", "40", "#3A5BCD"));
drawObj.push(new Rectangle("50", "50", "100", "30", "#EF2B36"));
Вы передаете строки для x, y, ширины и высоты.
objArray[i].width=objArray[i].width+j;
objArray[i].height=objArray[i].height+j;
... так что это конкатенация строк, что означает, что ширина в конечном итоге становится строкой, говорящей "3000000000000000000000" ...
Вы должны научиться использовать отладчик Chrome (control + shift + j), с ним действительно легко найти подобные проблемы.
Также используйте requestAnimationFrame вместо setTimeout и не бессмысленно перерисовывайте все 100 раз за кадр:)