Что ж, я закончил тем, что выполнил git rebase -i, ввел 'edit' для всех соответствующих коммитов (я мог найти их с помощью регулярного выражения), а затем использовал скрипт, который выполняет фактическую проверку подмодуля, commit, rebase --continue .
Я полагаю, что нет простого способа сделать это ...