Я думаю, что лучшим выбором было бы использование CSOM SharePoint для извлечения данных из O365 и их сохранения в SQL Azure. Wictor Wilen сделал отличный пост в своем блоге, как выполнить аутентификацию для O365 из Azure.
Существует много способов интеграции Windows Azure и O365. Я думаю, что вы должны пересмотреть такое архитектурное решение для каждого требования, с которым вы сталкиваетесь.
Существует отличный учебный курс по разработке SharePoint и Azure. Это явно не O365, но эй, это вообще SharePoint: D
Торстен