Я так понимаю, что вы имеете в виду autoconf из автоинструментов?Я не знаю, что тут вообще говорить, кроме того, что сказано, скажем, в википедии.Он зрелый, он существует уже много лет, он делает свою работу, он широко принят.Ему не нужны (когда все будет создано) внешние инструменты (в отличие от cmake).Например.Я сам - я разрабатываю продукт, который будет скомпилирован для нескольких версий UNIX - я широко его использую (и automake с libtool), чтобы упростить свою жизнь.
Использовать его или нет - зависит от ваших потребностейВам будет достаточно другого инструмента.Я рассматривал другие инструменты, но в конце концов я придерживаюсь autotools - возможно, потому что я к этому привык, но я думаю, в основном, потому что мне нравится идея, стоящая за ним.