DELETE t2 FROM table1 t2
INNER JOIN table1 t1 ON
(t1.somefield = t2.somefield
AND t1.otherfield = t2.otherfield /*add more fields if need be */
AND t2.id > t1.id)
LEFT JOIN table1 t3 ON
(t1.somefield = t3.somefield
AND t1.otherfield = t3.otherfield /*add more fields if need be */
AND t3.id > t2.id)
WHERE (t3.id IS NULL)
ORDER BY t2.id ASC
Это должно удалить только 2-й дубликат и оставить только 3-й и более дубликатов.
Если вы хотите что-то менее эзотерическое, и у вас есть столбец отметки времени, возможно, вы захотите сделать
DELETE t2 FROM table1 t2
INNER JOIN table1 t1 ON
(t1.somefield = t2.somefield
AND t1.otherfield = t2.otherfield /*add more fields if need be */
AND t2.`timestamp` > t1.`timestamp`)
WHERE (1=1) /*In some mode(s) MySQL requires a where clause with delete*/
ORDER BY t2.id ASC